撤销夫妻财产约定公证书的方式是：当事人可以先向出具该公证书的公证机构提出复查，经公证机构复查，确认有证据足以推翻公证的，再由公证机构撤销并予以公告。

法律依据

《公证法》第二条

公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。

第三十六条

经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。